保障和直属部门党委于2020年5月25日经校党委批准成立，设党委书记1名，副书记1名，纪委书记1名，党委委员7名，纪委委员5名。
党委书记：陈江华；副书记：郭亚贞
其他委员：吴开军、许四杰、陈鹏、付昱、沙锋
纪委书记：郭亚贞
其他委员：蒋莉萍、宁波、张建敏
党委下设9个支部，截至2025年3月，党员总数109名。9个党支部分别是：
序号 | 支 部 | 书记 | 党员数 | 备注 |
1 | 第一党支部 | 蒋莉萍 | 27 | 后勤与基建管理处、教育保障中心 |
2 | 第二党支部 | 吴开军 | 21 | 图书馆 |
3 | 第三党支部 | 刘智斌 | 10 | 现代信息与教育技术中心 |
4 | 第四党支部 | 陈 鹏 | 8 | 期刊中心 |
5 | 第五党支部 | 宁 波 | 8 | 档案馆校史馆、博物馆 |
6 | 第六党支部 | 许四杰 | 9 | 船舶管理中心 |
7 | 第七党支部 | 李兆军 | 5 | 招投标办公室 |
8 | 第八党支部 | 沙 锋 | 12 | 上海水大资产经营公司 |
9 | 第九党支部 | 付 昱 | 9 | 继续教育学院 |
注：以上数据截至2025年3月